Az alsó-ausztriai Reichenau an der Rax közelében levő Wartholz villában született az utolsó osztrák császár és magyar király gyermekeként és legidősebb fiaként. Édesanyja Zita Bourbon–pármai hercegnő, császárné és királyné volt, keresztapja Ferenc József. Egyetemi tanulmányait a Leuveni Egyetemen végezte Belgiumban, ahol 1935-ben megszerezte a politika és társadalomtudományok doktora címet.
Habsburg Ottó 1912-ben a trónöröklés sorrendjében a negyedik helyen szerepelt. Apját, IV. Károlyt (Ausztriában: I. Károly császárt) törvényesen 1921-ben (1921. évi XLVII. törvénycikk) Magyarországon is megfosztották trónjától. Ottó egészen a második világháború végéig reménykedett a visszatérésben. A második világháború idején Washingtonban tartózkodott Roosevelt elnök környezetében. Ottani tevékenysége máig nem tisztázott.
1923. augusztus 24-én bérmálkozott, bérmaapja XI. Piusz volt. 1927/28-ban Clairvaux-ban tanult. 1929-ben a Löwen-i egyetemen tanult. 1935-ben a politikai tudományok doktora lett ugyanitt.
7 gyermeke, 22 unokája és 2 dédunokája volt. Harcolt a kisebbségi jogokért, az EU bővítéséért, a nemzetek önrendelkezési jogáért. 20 évig volt (1979-1999) a CSU helyettese. A bajorországi Pöcking am Starnberger See-ben halt meg 98 éves korában, "békésen elaludt".
Requiem aeternam dona eis Domine, et lux perpetua luceat eis. Amen.
Ewige Ruhe schenke ihm, o Herr! Und das ewige Licht leuchte ihm! Lasse ihn ruhen in Frieden. Amen.
